mirror of https://github.com/CGAL/cgal
WIP integrate functions.
This commit is contained in:
Maxime Gimeno
parent
b29534c73d
commit
06db5dafbc
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@ -50,6 +50,7 @@
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#include <CGAL/boost/graph/Euler_operations.h>
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#include <CGAL/boost/graph/Euler_operations.h>
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||||||
#include <CGAL/property_map.h>
|
#include <CGAL/property_map.h>
|
||||||
#include <CGAL/IO/Complex_3_in_triangulation_3_to_vtk.h>
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#include <CGAL/IO/Complex_3_in_triangulation_3_to_vtk.h>
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||||||
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#include <CGAL/IO/vtk_io.h>
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||||||
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||||||
#include <vtkSmartPointer.h>
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#include <vtkSmartPointer.h>
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||||||
#include <vtkDataSetReader.h>
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#include <vtkDataSetReader.h>
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||||||
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@ -85,473 +86,12 @@ typedef Scene_surface_mesh_item Scene_facegraph_item;
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||||||
typedef Scene_polyhedron_item Scene_facegraph_item;
|
typedef Scene_polyhedron_item Scene_facegraph_item;
|
||||||
#endif
|
#endif
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||||||
typedef Scene_facegraph_item::Face_graph FaceGraph;
|
typedef Scene_facegraph_item::Face_graph FaceGraph;
|
||||||
typedef boost::property_traits<boost::property_map<FaceGraph, CGAL::vertex_point_t>::type>::value_type Point;
|
typedef boost::property_traits<boost::property_map<FaceGraph,
|
||||||
|
CGAL::vertex_point_t>::type>::value_type Point;
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||||||
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||||||
// writes the appended data into the .vtu file
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template <class FT>
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void
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write_vector(std::ostream& os,
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const std::vector<FT>& vect)
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{
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const char* buffer = reinterpret_cast<const char*>(&(vect[0]));
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std::size_t size = vect.size()*sizeof(FT);
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||||||
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||||||
os.write(reinterpret_cast<const char *>(&size), sizeof(std::size_t)); // number of bytes encoded
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||||||
os.write(buffer, vect.size()*sizeof(FT)); // encoded data
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||||||
}
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||||||
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||||||
// writes the cells tags before binary data is appended
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template <class C3T3>
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void
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||||||
write_cells_tag(std::ostream& os,
|
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const C3T3 & c3t3,
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||||||
std::map<typename C3T3::Triangulation::Vertex_handle, std::size_t> & V,
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||||||
bool binary,
|
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||||||
std::size_t& offset)
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||||||
{
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||||||
typedef typename C3T3::Cells_in_complex_iterator Cell_iterator;
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||||||
std::string formatattribute =
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||||||
binary ? " format=\"appended\"" : " format=\"ascii\"";
|
|
||||||
|
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||||||
std::string typeattribute;
|
|
||||||
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
|
||||||
case 8: typeattribute = " type=\"UInt64\""; break;
|
|
||||||
case 4: typeattribute = " type=\"UInt32\""; break;
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||||||
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
|
||||||
}
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||||||
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||||||
// Write connectivity table
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||||||
os << " <Cells>\n"
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||||||
<< " <DataArray Name=\"connectivity\""
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||||||
<< formatattribute << typeattribute;
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||||||
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||||||
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
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||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
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||||||
offset += (4 * c3t3.number_of_cells() + 1) * sizeof(std::size_t);
|
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||||||
// 4 indices (size_t) per cell + length of the encoded data (size_t)
|
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||||||
}
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||||||
else {
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||||||
os << "\">\n";
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||||||
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
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||||||
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
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||||||
++cit )
|
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||||||
{
|
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||||||
for (int i=0; i<4; i++)
|
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||||||
os << V[cit->vertex(i)] << " ";
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||||||
}
|
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||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
// Write offsets
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||||||
os << " <DataArray Name=\"offsets\""
|
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||||||
<< formatattribute << typeattribute;
|
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||||||
|
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||||||
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
|
||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += (c3t3.number_of_cells() + 1) * sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 1 offset (size_t) per cell + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
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||||||
else {
|
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||||||
os << "\">\n";
|
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||||||
std::size_t cells_offset = 0;
|
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||||||
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
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||||||
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
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||||||
++cit )
|
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||||||
{
|
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||||||
cells_offset += 4;
|
|
||||||
os << cells_offset << " ";
|
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||||||
}
|
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||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
// Write cell type (tetrahedra == 10)
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||||||
os << " <DataArray Name=\"types\""
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||||||
<< formatattribute << " type=\"UInt8\"";
|
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||||||
|
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||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += c3t3.number_of_cells() + sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 1 unsigned char per cell + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
|
||||||
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
|
||||||
++cit )
|
|
||||||
os << "10 ";
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </Cells>\n";
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
// writes the cells appended data at the end of the .vtu file
|
|
||||||
template <class C3T3>
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||||||
void
|
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||||||
write_cells(std::ostream& os,
|
|
||||||
const C3T3 & c3t3,
|
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||||||
std::map<typename C3T3::Triangulation::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
|
||||||
std::vector<float>& mids)
|
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||||||
{
|
|
||||||
typedef typename C3T3::Cells_in_complex_iterator Cell_iterator;
|
|
||||||
std::vector<std::size_t> connectivity_table;
|
|
||||||
std::vector<std::size_t> offsets;
|
|
||||||
std::vector<unsigned char> cell_type(c3t3.number_of_cells(),10); // tetrahedra == 10
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||||||
|
|
||||||
std::size_t off = 0;
|
|
||||||
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
|
||||||
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
|
||||||
++cit )
|
|
||||||
{
|
|
||||||
off += 4;
|
|
||||||
offsets.push_back(off);
|
|
||||||
for (int i=0; i<4; i++)
|
|
||||||
connectivity_table.push_back(V[cit->vertex(i)]);
|
|
||||||
mids.push_back(cit->subdomain_index());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
write_vector<std::size_t>(os,connectivity_table);
|
|
||||||
write_vector<std::size_t>(os,offsets);
|
|
||||||
write_vector<unsigned char>(os,cell_type);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// writes the polys appended data at the end of the .vtp file
|
|
||||||
template <class Mesh,
|
|
||||||
typename NamedParameters>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
const NamedParameters& np)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::face_iterator face_iterator;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexIndexMap<Mesh, NamedParameters>::type Vimap;
|
|
||||||
Vimap V = choose_param(get_param(np, CGAL::internal_np::vertex_index),
|
|
||||||
get_const_property_map(CGAL::internal_np::vertex_index, mesh));
|
|
||||||
|
|
||||||
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
std::vector<std::size_t> connectivity_table;
|
|
||||||
std::vector<std::size_t> offsets;
|
|
||||||
std::vector<unsigned char> cell_type(num_faces(mesh),5); // triangle == 5
|
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||||||
|
|
||||||
std::size_t off = 0;
|
|
||||||
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
|
||||||
fit != faces(mesh).end() ;
|
|
||||||
++fit )
|
|
||||||
{
|
|
||||||
off += 3;
|
|
||||||
offsets.push_back(off);
|
|
||||||
BOOST_FOREACH(vertex_descriptor v,
|
|
||||||
vertices_around_face(halfedge(*fit, mesh), mesh))
|
|
||||||
connectivity_table.push_back(V[v]);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
write_vector<std::size_t>(os,connectivity_table);
|
|
||||||
write_vector<std::size_t>(os,offsets);
|
|
||||||
write_vector<unsigned char>(os,cell_type);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
//overload
|
|
||||||
template <class Mesh>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
write_polys(os, mesh, CGAL::parameters::all_default());
|
|
||||||
}
|
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||||||
//todo use named params for maps
|
|
||||||
template <class Mesh,
|
|
||||||
typename NamedParameters>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset,
|
|
||||||
const NamedParameters& np)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::face_iterator face_iterator;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexIndexMap<Mesh, NamedParameters>::type Vimap;
|
|
||||||
Vimap V = choose_param(get_param(np, CGAL::internal_np::vertex_index),
|
|
||||||
get_const_property_map(CGAL::internal_np::vertex_index, mesh));
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
|
|
||||||
std::string formatattribute =
|
|
||||||
binary ? " format=\"appended\"" : " format=\"ascii\"";
|
|
||||||
|
|
||||||
std::string typeattribute;
|
|
||||||
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
|
||||||
case 8: typeattribute = " type=\"UInt64\""; break;
|
|
||||||
case 4: typeattribute = " type=\"UInt32\""; break;
|
|
||||||
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Write connectivity table
|
|
||||||
os << " <Polys>\n"
|
|
||||||
<< " <DataArray Name=\"connectivity\""
|
|
||||||
<< formatattribute << typeattribute;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
|
||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += (3 * num_faces(mesh)+ 1) * sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 3 indices (size_t) per triangle + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
|
||||||
fit != faces(mesh).end() ;
|
|
||||||
++fit )
|
|
||||||
{
|
|
||||||
BOOST_FOREACH(vertex_descriptor v,
|
|
||||||
vertices_around_face(halfedge(*fit, mesh), mesh))
|
|
||||||
os << V[v] << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Write offsets
|
|
||||||
os << " <DataArray Name=\"offsets\""
|
|
||||||
<< formatattribute << typeattribute;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
|
||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += (num_faces(mesh) + 1) * sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 1 offset (size_t) per triangle + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
std::size_t polys_offset = 0;
|
|
||||||
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
|
||||||
fit != faces(mesh).end() ;
|
|
||||||
++fit )
|
|
||||||
{
|
|
||||||
polys_offset += 3;
|
|
||||||
os << polys_offset << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Write cell type (triangle == 5)
|
|
||||||
os << " <DataArray Name=\"types\""
|
|
||||||
<< formatattribute << " type=\"UInt8\"";
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += num_faces(mesh) + sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 1 unsigned char per cell + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for(std::size_t i = 0; i< num_faces(mesh); ++i)
|
|
||||||
os << "5 ";
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </Polys>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
//overload
|
|
||||||
template <class Mesh>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
write_polys_tag(os,
|
|
||||||
mesh,
|
|
||||||
binary,
|
|
||||||
offset,
|
|
||||||
CGAL::parameters::all_default());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// writes the points tags before binary data is appended
|
|
||||||
template <class Tr>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_points_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Tr & tr,
|
|
||||||
std::map<typename Tr::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename Tr::Finite_vertices_iterator Finite_vertices_iterator;
|
|
||||||
typedef typename Tr::Geom_traits Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
|
|
||||||
std::size_t inum = 0;
|
|
||||||
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
|
||||||
std::string type = (sizeof(FT) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
|
||||||
|
|
||||||
os << " <Points>\n"
|
|
||||||
<< " <DataArray type =\"" << type << "\" NumberOfComponents=\"3\" format=\"" << format; //todo: 3 for 3D, 2 for 2D
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += 3 * tr.number_of_vertices() * sizeof(FT) + sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 3 coords per points + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for( Finite_vertices_iterator vit = tr.finite_vertices_begin();
|
|
||||||
vit != tr.finite_vertices_end();
|
|
||||||
++vit)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
V[vit] = inum++;
|
|
||||||
os << vit->point().x() << " " << vit->point().y() << " " << vit->point().z() << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </Points>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
//todo : use namedparams for points and ids
|
|
||||||
//overload for facegraph
|
|
||||||
template <class Mesh,
|
|
||||||
typename NamedParameters>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_points_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset,
|
|
||||||
const NamedParameters& np)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::vertex_iterator vertex_iterator;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
|
||||||
Vpmap vpm = choose_param(get_param(np, CGAL::vertex_point),
|
|
||||||
get_const_property_map(CGAL::vertex_point, mesh));
|
|
||||||
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
|
|
||||||
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
|
||||||
std::string type = (sizeof(FT) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
|
||||||
|
|
||||||
os << " <Points>\n"
|
|
||||||
<< " <DataArray type =\"" << type << "\" NumberOfComponents=\"3\" format=\"" << format; //todo: 3 for 3D, 2 for 2D
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += 3 * num_vertices(mesh) * sizeof(FT) + sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
// 3 coords per points + length of the encoded data (size_t)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for( vertex_iterator vit = vertices(mesh).begin();
|
|
||||||
vit != vertices(mesh).end();
|
|
||||||
++vit)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
os << get(vpm, *vit).x() << " " << get(vpm, *vit).y() << " " << get(vpm, *vit).z() << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << " </Points>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
//overload
|
|
||||||
template <class Mesh>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_points_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
write_points_tag(os, mesh, binary, offset, CGAL::parameters::all_default());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// writes the points appended data at the end of the .vtu file
|
|
||||||
template <class Tr>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_points(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Tr & tr,
|
|
||||||
std::map<typename Tr::Vertex_handle, std::size_t> & V)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename Tr::Finite_vertices_iterator Finite_vertices_iterator;
|
|
||||||
typedef typename Tr::Geom_traits Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
|
|
||||||
std::size_t inum = 0;
|
|
||||||
std::vector<FT> coordinates;
|
|
||||||
for( Finite_vertices_iterator vit = tr.finite_vertices_begin();
|
|
||||||
vit != tr.finite_vertices_end();
|
|
||||||
++vit)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
V[vit] = inum++; // binary output => the map has not been filled yet
|
|
||||||
coordinates.push_back(vit->point().x());
|
|
||||||
coordinates.push_back(vit->point().y());
|
|
||||||
coordinates.push_back(vit->point().z());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
write_vector<FT>(os,coordinates);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// writes the points appended data at the end of the .vtp file
|
|
||||||
template <class Mesh,
|
|
||||||
class NamedParameters>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys_points(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh,
|
|
||||||
const NamedParameters& np)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::vertex_iterator vertex_iterator;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
|
||||||
Vpmap vpm = choose_param(get_param(np, CGAL::vertex_point),
|
|
||||||
get_const_property_map(CGAL::vertex_point, mesh));
|
|
||||||
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
|
||||||
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
|
||||||
typedef typename Gt::FT FT;
|
|
||||||
std::vector<FT> coordinates;
|
|
||||||
for( vertex_iterator vit = vertices(mesh).begin();
|
|
||||||
vit != vertices(mesh).end();
|
|
||||||
++vit)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).x());
|
|
||||||
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).y());
|
|
||||||
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).z());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
write_vector<FT>(os,coordinates);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
//overload
|
|
||||||
template <class Mesh>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_polys_points(std::ostream& os,
|
|
||||||
const Mesh & mesh)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
write_polys_points(os, mesh, CGAL::parameters::all_default());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// writes the attribute tags before binary data is appended
|
|
||||||
template <class T>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_attribute_tag(std::ostream& os,
|
|
||||||
const std::string& attr_name,
|
|
||||||
const std::vector<T>& attribute,
|
|
||||||
bool binary,
|
|
||||||
std::size_t& offset)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
|
||||||
std::string type = (sizeof(T) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
|
||||||
os << " <DataArray type=\"" << type << "\" Name=\"" << attr_name << "\" format=\"" << format;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
|
||||||
offset += attribute.size() * sizeof(T) + sizeof(std::size_t);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
typedef typename std::vector<T>::const_iterator Iterator;
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
for (Iterator it = attribute.begin();
|
|
||||||
it != attribute.end();
|
|
||||||
++it )
|
|
||||||
os << *it << " ";
|
|
||||||
os << " </DataArray>\n";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// writes the attributes appended data at the end of the .vtu file
|
|
||||||
template <typename FT>
|
|
||||||
void
|
|
||||||
write_attributes(std::ostream& os,
|
|
||||||
const std::vector<FT>& att)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
write_vector(os,att);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
namespace CGAL{
|
namespace CGAL{
|
||||||
|
|
||||||
class ErrorObserverVtk : public vtkCommand
|
class ErrorObserverVtk : public vtkCommand
|
||||||
|
|
@ -794,39 +334,8 @@ public:
|
||||||
std::ofstream os(output_filename.data());
|
std::ofstream os(output_filename.data());
|
||||||
os << std::setprecision(16);
|
os << std::setprecision(16);
|
||||||
//write header
|
//write header
|
||||||
os << "<?xml version=\"1.0\"?>\n"
|
CGAL::write_polydata(os, *mesh);
|
||||||
<< "<VTKFile type=\"PolyData\" version=\"0.1\"";
|
|
||||||
#ifdef CGAL_LITTLE_ENDIAN
|
|
||||||
os << " byte_order=\"LittleEndian\"";
|
|
||||||
#else // CGAL_BIG_ENDIAN
|
|
||||||
os << " byte_order=\"BigEndian\"";
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
|
||||||
case 4: os << " header_type=\"UInt32\""; break;
|
|
||||||
case 8: os << " header_type=\"UInt64\""; break;
|
|
||||||
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << ">\n"
|
|
||||||
<< " <PolyData>" << "\n";
|
|
||||||
|
|
||||||
os << " <Piece NumberOfPoints=\"" << num_vertices(*mesh)
|
|
||||||
<< "\" NumberOfPolys=\"" << num_faces(*mesh) << "\">\n";
|
|
||||||
bool binary = true;
|
|
||||||
std::size_t offset = 0;
|
|
||||||
write_points_tag(os,*mesh,binary,offset);
|
|
||||||
write_polys_tag(os,*mesh,binary,offset);
|
|
||||||
os << " </Piece>\n"
|
|
||||||
<< " </PolyData>\n";
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << "<AppendedData encoding=\"raw\">\n_";
|
|
||||||
write_polys_points(os,*mesh); // write points before cells to fill the std::map V
|
|
||||||
write_polys(os,*mesh);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << "</VTKFile>\n";
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
// CGAL::polygon_mesh_to_vtkUnstructured<vtkXMLPolyDataWriter>(
|
|
||||||
// *poly_item->polyhedron(),
|
|
||||||
// output_filename.data());
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
@ -835,50 +344,11 @@ public:
|
||||||
if(!c3t3_item || extension != "vtu")
|
if(!c3t3_item || extension != "vtu")
|
||||||
return false;
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
typedef typename C3t3::Triangulation Tr;
|
|
||||||
typedef typename Tr::Vertex_handle Vertex_handle;
|
|
||||||
const C3t3& c3t3 = c3t3_item->c3t3();
|
|
||||||
const Tr& tr = c3t3.triangulation();
|
|
||||||
std::map<Vertex_handle, std::size_t> V;
|
|
||||||
std::ofstream os(output_filename.data());
|
std::ofstream os(output_filename.data());
|
||||||
os << std::setprecision(16);
|
os << std::setprecision(16);
|
||||||
//write header
|
const C3t3& c3t3 = c3t3_item->c3t3();
|
||||||
os << "<?xml version=\"1.0\"?>\n"
|
|
||||||
<< "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\"";
|
|
||||||
#ifdef CGAL_LITTLE_ENDIAN
|
|
||||||
os << " byte_order=\"LittleEndian\"";
|
|
||||||
#else // CGAL_BIG_ENDIAN
|
|
||||||
os << " byte_order=\"BigEndian\"";
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
CGAL::write_unstructured_grid_3(os, c3t3);
|
||||||
case 4: os << " header_type=\"UInt32\""; break;
|
|
||||||
case 8: os << " header_type=\"UInt64\""; break;
|
|
||||||
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << ">\n"
|
|
||||||
<< " <UnstructuredGrid>" << "\n";
|
|
||||||
|
|
||||||
os << " <Piece NumberOfPoints=\"" << tr.number_of_vertices()
|
|
||||||
<< "\" NumberOfCells=\"" << c3t3.number_of_cells() << "\">\n";
|
|
||||||
bool binary = true;
|
|
||||||
std::size_t offset = 0;
|
|
||||||
write_points_tag(os,tr,V,binary,offset);
|
|
||||||
write_cells_tag(os,c3t3,V,binary,offset);
|
|
||||||
os << " <CellData Domain=\"MeshDomain";
|
|
||||||
os << "\">\n";
|
|
||||||
std::vector<float> mids;
|
|
||||||
write_attribute_tag(os,"MeshDomain",mids,binary,offset);
|
|
||||||
os << " </CellData>\n";
|
|
||||||
os << " </Piece>\n"
|
|
||||||
<< " </UnstructuredGrid>\n";
|
|
||||||
if (binary) {
|
|
||||||
os << "<AppendedData encoding=\"raw\">\n_";
|
|
||||||
write_points(os,tr,V); // write points before cells to fill the std::map V
|
|
||||||
write_cells(os,c3t3,V, mids);//todo mids should be filled by write_attribute_tag
|
|
||||||
write_attributes(os,mids);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
os << "</VTKFile>\n";
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
return true;
|
return true;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,668 @@
|
||||||
|
// Copyright (c) 2018 GeometryFactory (France).
|
||||||
|
// Copyright (c) 2004-2006 INRIA Sophia-Antipolis (France).
|
||||||
|
// Copyright (c) 2009 INRIA Sophia-Antipolis (France).
|
||||||
|
// All rights reserved.
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// This file is part of CGAL (www.cgal.org).
|
||||||
|
// You can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU
|
||||||
|
// General Public License as published by the Free Software Foundation,
|
||||||
|
// either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// Licensees holding a valid commercial license may use this file in
|
||||||
|
// accordance with the commercial license agreement provided with the software.
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// This file is provided AS IS with NO WARRANTY OF ANY KIND, INCLUDING THE
|
||||||
|
// WARRANTY OF DESIGN, MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// $URL$
|
||||||
|
// $Id$
|
||||||
|
//
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// Author(s) : Laurent RINEAU, Stephane Tayeb, Maxime Gimeno
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef CGAL_VTK_IO_H
|
||||||
|
#define CGAL_VTK_IO_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include <vector>
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <CGAL/Polygon_mesh_processing/internal/named_function_params.h>
|
||||||
|
#include <CGAL/Polygon_mesh_processing/internal/named_params_helper.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace CGAL{
|
||||||
|
// writes the appended data into the .vtu file
|
||||||
|
template <class FT>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_vector(std::ostream& os,
|
||||||
|
const std::vector<FT>& vect)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const char* buffer = reinterpret_cast<const char*>(&(vect[0]));
|
||||||
|
std::size_t size = vect.size()*sizeof(FT);
|
||||||
|
|
||||||
|
os.write(reinterpret_cast<const char *>(&size), sizeof(std::size_t)); // number of bytes encoded
|
||||||
|
os.write(buffer, vect.size()*sizeof(FT)); // encoded data
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// writes the cells tags before binary data is appended
|
||||||
|
template <class C3T3>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_cells_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const C3T3 & c3t3,
|
||||||
|
std::map<typename C3T3::Triangulation::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename C3T3::Cells_in_complex_iterator Cell_iterator;
|
||||||
|
std::string formatattribute =
|
||||||
|
binary ? " format=\"appended\"" : " format=\"ascii\"";
|
||||||
|
|
||||||
|
std::string typeattribute;
|
||||||
|
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
||||||
|
case 8: typeattribute = " type=\"UInt64\""; break;
|
||||||
|
case 4: typeattribute = " type=\"UInt32\""; break;
|
||||||
|
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write connectivity table
|
||||||
|
os << " <Cells>\n"
|
||||||
|
<< " <DataArray Name=\"connectivity\""
|
||||||
|
<< formatattribute << typeattribute;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += (4 * c3t3.number_of_cells() + 1) * sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 4 indices (size_t) per cell + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
||||||
|
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
||||||
|
++cit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int i=0; i<4; i++)
|
||||||
|
os << V[cit->vertex(i)] << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write offsets
|
||||||
|
os << " <DataArray Name=\"offsets\""
|
||||||
|
<< formatattribute << typeattribute;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += (c3t3.number_of_cells() + 1) * sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 1 offset (size_t) per cell + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
std::size_t cells_offset = 0;
|
||||||
|
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
||||||
|
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
||||||
|
++cit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cells_offset += 4;
|
||||||
|
os << cells_offset << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write cell type (tetrahedra == 10)
|
||||||
|
os << " <DataArray Name=\"types\""
|
||||||
|
<< formatattribute << " type=\"UInt8\"";
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += c3t3.number_of_cells() + sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 1 unsigned char per cell + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
||||||
|
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
||||||
|
++cit )
|
||||||
|
os << "10 ";
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </Cells>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// writes the cells appended data at the end of the .vtu file
|
||||||
|
template <class C3T3>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_cells(std::ostream& os,
|
||||||
|
const C3T3 & c3t3,
|
||||||
|
std::map<typename C3T3::Triangulation::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
||||||
|
std::vector<float>& mids)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename C3T3::Cells_in_complex_iterator Cell_iterator;
|
||||||
|
std::vector<std::size_t> connectivity_table;
|
||||||
|
std::vector<std::size_t> offsets;
|
||||||
|
std::vector<unsigned char> cell_type(c3t3.number_of_cells(),10); // tetrahedra == 10
|
||||||
|
|
||||||
|
std::size_t off = 0;
|
||||||
|
for( Cell_iterator cit = c3t3.cells_in_complex_begin() ;
|
||||||
|
cit != c3t3.cells_in_complex_end() ;
|
||||||
|
++cit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
off += 4;
|
||||||
|
offsets.push_back(off);
|
||||||
|
for (int i=0; i<4; i++)
|
||||||
|
connectivity_table.push_back(V[cit->vertex(i)]);
|
||||||
|
mids.push_back(cit->subdomain_index());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
write_vector<std::size_t>(os,connectivity_table);
|
||||||
|
write_vector<std::size_t>(os,offsets);
|
||||||
|
write_vector<unsigned char>(os,cell_type);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// writes the polys appended data at the end of the .vtp file
|
||||||
|
template <class Mesh,
|
||||||
|
typename NamedParameters>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
const NamedParameters& np)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::face_iterator face_iterator;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexIndexMap<Mesh, NamedParameters>::type Vimap;
|
||||||
|
Vimap V = choose_param(get_param(np, CGAL::internal_np::vertex_index),
|
||||||
|
get_const_property_map(CGAL::internal_np::vertex_index, mesh));
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
std::vector<std::size_t> connectivity_table;
|
||||||
|
std::vector<std::size_t> offsets;
|
||||||
|
std::vector<unsigned char> cell_type(num_faces(mesh),5); // triangle == 5
|
||||||
|
|
||||||
|
std::size_t off = 0;
|
||||||
|
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
||||||
|
fit != faces(mesh).end() ;
|
||||||
|
++fit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
off += 3;
|
||||||
|
offsets.push_back(off);
|
||||||
|
BOOST_FOREACH(vertex_descriptor v,
|
||||||
|
vertices_around_face(halfedge(*fit, mesh), mesh))
|
||||||
|
connectivity_table.push_back(V[v]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
write_vector<std::size_t>(os,connectivity_table);
|
||||||
|
write_vector<std::size_t>(os,offsets);
|
||||||
|
write_vector<unsigned char>(os,cell_type);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//overload
|
||||||
|
template <class Mesh>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
write_polys(os, mesh, CGAL::parameters::all_default());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//todo use named params for maps
|
||||||
|
template <class Mesh,
|
||||||
|
typename NamedParameters>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset,
|
||||||
|
const NamedParameters& np)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::face_iterator face_iterator;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexIndexMap<Mesh, NamedParameters>::type Vimap;
|
||||||
|
Vimap V = choose_param(get_param(np, CGAL::internal_np::vertex_index),
|
||||||
|
get_const_property_map(CGAL::internal_np::vertex_index, mesh));
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::string formatattribute =
|
||||||
|
binary ? " format=\"appended\"" : " format=\"ascii\"";
|
||||||
|
|
||||||
|
std::string typeattribute;
|
||||||
|
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
||||||
|
case 8: typeattribute = " type=\"UInt64\""; break;
|
||||||
|
case 4: typeattribute = " type=\"UInt32\""; break;
|
||||||
|
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write connectivity table
|
||||||
|
os << " <Polys>\n"
|
||||||
|
<< " <DataArray Name=\"connectivity\""
|
||||||
|
<< formatattribute << typeattribute;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += (3 * num_faces(mesh)+ 1) * sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 3 indices (size_t) per triangle + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
||||||
|
fit != faces(mesh).end() ;
|
||||||
|
++fit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
BOOST_FOREACH(vertex_descriptor v,
|
||||||
|
vertices_around_face(halfedge(*fit, mesh), mesh))
|
||||||
|
os << V[v] << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write offsets
|
||||||
|
os << " <DataArray Name=\"offsets\""
|
||||||
|
<< formatattribute << typeattribute;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) { // if binary output, just write the xml tag
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += (num_faces(mesh) + 1) * sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 1 offset (size_t) per triangle + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
std::size_t polys_offset = 0;
|
||||||
|
for( face_iterator fit = faces(mesh).begin() ;
|
||||||
|
fit != faces(mesh).end() ;
|
||||||
|
++fit )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
polys_offset += 3;
|
||||||
|
os << polys_offset << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write cell type (triangle == 5)
|
||||||
|
os << " <DataArray Name=\"types\""
|
||||||
|
<< formatattribute << " type=\"UInt8\"";
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << " offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += num_faces(mesh) + sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 1 unsigned char per cell + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for(std::size_t i = 0; i< num_faces(mesh); ++i)
|
||||||
|
os << "5 ";
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </Polys>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//overload
|
||||||
|
template <class Mesh>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
write_polys_tag(os,
|
||||||
|
mesh,
|
||||||
|
binary,
|
||||||
|
offset,
|
||||||
|
CGAL::parameters::all_default());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// writes the points tags before binary data is appended
|
||||||
|
template <class Tr>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_points_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Tr & tr,
|
||||||
|
std::map<typename Tr::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset,
|
||||||
|
std::size_t dim)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename Tr::Finite_vertices_iterator Finite_vertices_iterator;
|
||||||
|
typedef typename Tr::Geom_traits Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::size_t inum = 0;
|
||||||
|
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
||||||
|
std::string type = (sizeof(FT) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
||||||
|
|
||||||
|
os << " <Points>\n"
|
||||||
|
<< " <DataArray type =\"" << type << "\" NumberOfComponents=\""
|
||||||
|
<<dim
|
||||||
|
<<"\" format=\"" << format;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += dim * tr.number_of_vertices() * sizeof(FT) + sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// dim coords per points + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for( Finite_vertices_iterator vit = tr.finite_vertices_begin();
|
||||||
|
vit != tr.finite_vertices_end();
|
||||||
|
++vit)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
V[vit] = inum++;
|
||||||
|
os << vit->point().x() << " " << vit->point().y()<< " " ;
|
||||||
|
if(dim == 3)
|
||||||
|
os << vit->point().z() << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </Points>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//todo : use namedparams for points and ids
|
||||||
|
//overload for facegraph
|
||||||
|
template <class Mesh,
|
||||||
|
typename NamedParameters>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_points_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset,
|
||||||
|
const NamedParameters& np)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::vertex_iterator vertex_iterator;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
||||||
|
Vpmap vpm = choose_param(get_param(np, CGAL::vertex_point),
|
||||||
|
get_const_property_map(CGAL::vertex_point, mesh));
|
||||||
|
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
||||||
|
std::string type = (sizeof(FT) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
||||||
|
|
||||||
|
os << " <Points>\n"
|
||||||
|
<< " <DataArray type =\"" << type << "\" NumberOfComponents=\"3\" format=\""
|
||||||
|
<< format;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += 3 * num_vertices(mesh) * sizeof(FT) + sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
// 3 coords per points + length of the encoded data (size_t)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for( vertex_iterator vit = vertices(mesh).begin();
|
||||||
|
vit != vertices(mesh).end();
|
||||||
|
++vit)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
os << get(vpm, *vit).x() << " " << get(vpm, *vit).y() << " "
|
||||||
|
<< get(vpm, *vit).z() << " ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </Points>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//overload
|
||||||
|
template <class Mesh>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_points_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
write_points_tag(os, mesh, binary, offset, CGAL::parameters::all_default());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// writes the points appended data at the end of the .vtu file
|
||||||
|
template <class Tr>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_points(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Tr & tr,
|
||||||
|
std::map<typename Tr::Vertex_handle, std::size_t> & V,
|
||||||
|
std::size_t dim)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename Tr::Finite_vertices_iterator Finite_vertices_iterator;
|
||||||
|
typedef typename Tr::Geom_traits Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::size_t inum = 0;
|
||||||
|
std::vector<FT> coordinates;
|
||||||
|
for( Finite_vertices_iterator vit = tr.finite_vertices_begin();
|
||||||
|
vit != tr.finite_vertices_end();
|
||||||
|
++vit)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
V[vit] = inum++; // binary output => the map has not been filled yet
|
||||||
|
coordinates.push_back(vit->point().x());
|
||||||
|
coordinates.push_back(vit->point().y());
|
||||||
|
if(dim == 3)
|
||||||
|
coordinates.push_back(vit->point().z());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
write_vector<FT>(os,coordinates);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// writes the points appended data at the end of the .vtp file
|
||||||
|
template <class Mesh,
|
||||||
|
class NamedParameters>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys_points(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh,
|
||||||
|
const NamedParameters& np)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename boost::graph_traits<Mesh>::vertex_iterator vertex_iterator;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Polygon_mesh_processing::GetVertexPointMap<Mesh, NamedParameters>::const_type Vpmap;
|
||||||
|
Vpmap vpm = choose_param(get_param(np, CGAL::vertex_point),
|
||||||
|
get_const_property_map(CGAL::vertex_point, mesh));
|
||||||
|
typedef typename boost::property_traits<Vpmap>::value_type Point_t;
|
||||||
|
typedef typename CGAL::Kernel_traits<Point_t>::Kernel Gt;
|
||||||
|
typedef typename Gt::FT FT;
|
||||||
|
std::vector<FT> coordinates;
|
||||||
|
for( vertex_iterator vit = vertices(mesh).begin();
|
||||||
|
vit != vertices(mesh).end();
|
||||||
|
++vit)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).x());
|
||||||
|
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).y());
|
||||||
|
coordinates.push_back(get(vpm, *vit).z());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
write_vector<FT>(os,coordinates);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//overload
|
||||||
|
template <class Mesh>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_polys_points(std::ostream& os,
|
||||||
|
const Mesh & mesh)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
write_polys_points(os, mesh, CGAL::parameters::all_default());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// writes the attribute tags before binary data is appended
|
||||||
|
template <class T>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_attribute_tag(std::ostream& os,
|
||||||
|
const std::string& attr_name,
|
||||||
|
const std::vector<T>& attribute,
|
||||||
|
bool binary,
|
||||||
|
std::size_t& offset)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
std::string format = binary ? "appended" : "ascii";
|
||||||
|
std::string type = (sizeof(T) == 8) ? "Float64" : "Float32";
|
||||||
|
os << " <DataArray type=\"" << type << "\" Name=\"" << attr_name << "\" format=\"" << format;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << "\" offset=\"" << offset << "\"/>\n";
|
||||||
|
offset += attribute.size() * sizeof(T) + sizeof(std::size_t);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
typedef typename std::vector<T>::const_iterator Iterator;
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
for (Iterator it = attribute.begin();
|
||||||
|
it != attribute.end();
|
||||||
|
++it )
|
||||||
|
os << *it << " ";
|
||||||
|
os << " </DataArray>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// writes the attributes appended data at the end of the .vtu file
|
||||||
|
template <typename FT>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
write_attributes(std::ostream& os,
|
||||||
|
const std::vector<FT>& att)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
write_vector(os,att);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template <class C3t3>
|
||||||
|
void write_unstructured_grid(std::ostream& os,
|
||||||
|
const C3t3& c3t3,
|
||||||
|
std::size_t dim)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef typename C3t3::Triangulation Tr;
|
||||||
|
typedef typename Tr::Vertex_handle Vertex_handle;
|
||||||
|
const Tr& tr = c3t3.triangulation();
|
||||||
|
std::map<Vertex_handle, std::size_t> V;
|
||||||
|
//write header
|
||||||
|
os << "<?xml version=\"1.0\"?>\n"
|
||||||
|
<< "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\"";
|
||||||
|
#ifdef CGAL_LITTLE_ENDIAN
|
||||||
|
os << " byte_order=\"LittleEndian\"";
|
||||||
|
#else // CGAL_BIG_ENDIAN
|
||||||
|
os << " byte_order=\"BigEndian\"";
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
switch(sizeof(std::size_t)) {
|
||||||
|
case 4: os << " header_type=\"UInt32\""; break;
|
||||||
|
case 8: os << " header_type=\"UInt64\""; break;
|
||||||
|
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << ">\n"
|
||||||
|
<< " <UnstructuredGrid>" << "\n";
|
||||||
|
|
||||||
|
os << " <Piece NumberOfPoints=\"" << tr.number_of_vertices()
|
||||||
|
<< "\" NumberOfCells=\"" << c3t3.number_of_cells() << "\">\n";
|
||||||
|
bool binary = true;
|
||||||
|
std::size_t offset = 0;
|
||||||
|
write_points_tag(os,tr,V,binary,offset, dim);
|
||||||
|
write_cells_tag(os,c3t3,V,binary,offset);
|
||||||
|
if(dim==3)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
os << " <CellData Domain=\"MeshDomain";
|
||||||
|
os << "\">\n";
|
||||||
|
std::vector<float> mids;
|
||||||
|
write_attribute_tag(os,"MeshDomain",mids,binary,offset);
|
||||||
|
os << " </CellData>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << " </Piece>\n"
|
||||||
|
<< " </UnstructuredGrid>\n";
|
||||||
|
if (binary) {
|
||||||
|
os << "<AppendedData encoding=\"raw\">\n_";
|
||||||
|
write_points(os,tr,V, dim); // write points before cells to fill the std::map V
|
||||||
|
write_cells(os,c3t3,V, mids);//todo mids should be filled by write_attribute_tag
|
||||||
|
if(dim==3)
|
||||||
|
write_attributes(os,mids);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << "</VTKFile>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//public API
|
||||||
|
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \brief write_polydata_3 writes the content of a triangulated surface mesh in the .vtp
|
||||||
|
//! XML format.
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \tparam TriangleMesh a model of `FaceListGraph` with triangle faces.
|
||||||
|
//! \tparam NamedParameters a sequence of \ref pmp_namedparameters "Named Parameters"
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \param os a `std::ostream`.
|
||||||
|
//! \param mesh an instance of `TriangleMesh` to be written.
|
||||||
|
//! \param binary decides if the data should be written in binary(`true`)
|
||||||
|
//! or in ASCII(`false`).
|
||||||
|
//! \param np optional sequence of \ref pmp_namedparameters "Named Parameters" among the
|
||||||
|
//! ones listed below
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \cgalNamedParamsBegin
|
||||||
|
//! \cgalParamBegin{vertex_point_map} the property map with the points associated to
|
||||||
|
//! the vertices of `mesh`. If this parameter is omitted, an internal property map for
|
||||||
|
//! `CGAL::vertex_point_t` must be available in `TriangleMesh`.
|
||||||
|
//! \cgalParamEnd
|
||||||
|
//! \cgalParamBegin{vertex_index_map} the property map with the indices associated to
|
||||||
|
//! the vertices of `mesh`. If this parameter is omitted, an internal property map for
|
||||||
|
//! `CGAL::vertex_index_t` must be available in `TriangleMesh`.
|
||||||
|
//! \cgalParamEnd
|
||||||
|
//! \cgalNamedParamsEnd
|
||||||
|
template<class TriangleMesh,
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class NamedParameters>
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void write_polydata(std::ostream& os,
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const TriangleMesh& mesh,
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bool binary,
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const NamedParameters& np)
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||||||
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{
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os << "<?xml version=\"1.0\"?>\n"
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<< "<VTKFile type=\"PolyData\" version=\"0.1\"";
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||||||
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#ifdef CGAL_LITTLE_ENDIAN
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||||||
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os << " byte_order=\"LittleEndian\"";
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||||||
|
#else // CGAL_BIG_ENDIAN
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||||||
|
os << " byte_order=\"BigEndian\"";
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||||||
|
#endif
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||||||
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switch(sizeof(std::size_t)) {
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||||||
|
case 4: os << " header_type=\"UInt32\""; break;
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||||||
|
case 8: os << " header_type=\"UInt64\""; break;
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||||||
|
default: CGAL_error_msg("Unknown size of std::size_t");
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||||||
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}
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os << ">\n"
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||||||
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<< " <PolyData>" << "\n";
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||||||
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||||||
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os << " <Piece NumberOfPoints=\"" << num_vertices(mesh)
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||||||
|
<< "\" NumberOfPolys=\"" << num_faces(mesh) << "\">\n";
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||||||
|
std::size_t offset = 0;
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||||||
|
write_points_tag(os,mesh,binary,offset, np);
|
||||||
|
write_polys_tag(os,mesh,binary,offset, np);
|
||||||
|
os << " </Piece>\n"
|
||||||
|
<< " </PolyData>\n";
|
||||||
|
if (binary) {
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||||||
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os << "<AppendedData encoding=\"raw\">\n_";
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||||||
|
write_polys_points(os,mesh, np);
|
||||||
|
write_polys(os,mesh, np);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
os << "</VTKFile>\n";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class TriangleMesh>
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|
void write_polydata(std::ostream& os,
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||||||
|
const TriangleMesh& mesh,
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|
bool binary = true)
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{
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write_polydata(os, mesh, binary, CGAL::parameters::all_default());
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|
}
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//!
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|
//! \brief write_unstructured_grid_3 writes the content of a `C3t3` in the .vtu
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//! XML format.
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//!
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|
//! \tparam C3T3 a model of `MeshComplexWithFeatures_3InTriangulation_3`.
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|
//!
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|
//! \param os a `std::ostream`.
|
||||||
|
//! \param c3t3 an instance of `C3T3` to be written.
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||||||
|
//! \param binary decides if the data should be written in binary(`true`)
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||||||
|
//! or in ASCII(`false`).
|
||||||
|
//!
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|
template <class C3T3>
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|
void write_unstructured_grid_3(std::ostream& os,
|
||||||
|
const C3T3& c3t3)
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|
{
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|
write_unstructured_grid(os, c3t3, 3);
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \brief write_unstructured_grid_2 writes the content of a `CDT` in the .vtu
|
||||||
|
//! XML format.
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||||||
|
//!
|
||||||
|
//! \tparam CDT must be 2D constrained Delaunay triangulation
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|
//!
|
||||||
|
//! \param os a `std::ostream`.
|
||||||
|
//! \param tr ?????????
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||||||
|
//! \param binary decides if the data should be written in binary(`true`)
|
||||||
|
//! or in ASCII(`false`).
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
//!
|
||||||
|
template <class CDT>
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||||||
|
void write_unstructured_grid_2(std::ostream& os,
|
||||||
|
const CDT& tr)
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||||||
|
{
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||||||
|
write_unstructured_grid(os, tr, 2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} //end CGAL
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||||||
|
#endif // CGAL_VTK_IO_H
|
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